Lista de rectores de la Universidad de El Salvador desde su fundación en 1841 hasta el presente.
- Presbítero y doctor Crisanto Salazar - 1841-1842
- Presbítero Narciso Monterrey - 1842-1843
- Presbítero y doctor Eugenio Aguilar - 1843-1845
- Presbítero y doctor Isidro Menéndez - 1845-1847
- Doctor Francisco Dueñas - 1848-1854
- Presbítero y doctor Isidro Menéndez - 1854-1856
- Doctor Victoriano Rodríguez - 1856-1858
- Doctor Rafael Pino - 1858-1859
- Doctor Manuel Gallardo - 1859-1861
- Licenciado Tomás Ayón - 1861-1864
- Licenciado Irineo Chacón - 1864-1867
- Doctor Gregorio Arbizú - 1867-1871
- Licenciado Darío González - 1871-1874
- Licenciado Irineo Chacón - 1874-1875
- Licenciado Carlos Bonilla - 1875-1876
- Licenciado Darío González - 1876-1877
- Licenciado Nicolás Tigerino - 1877-1881
- Licenciado Luciano Hernández - 1881
- Doctor Manuel Delgado - 1881-1883
- Doctor David Castro - 1883-1884
- Doctor Ricardo Moreira - 1884-1885
- Licenciado Carlos Bonilla - 1885
- Licenciado Nicolás Tigerino - 1885-1888
- Doctor Francisco G. de Machón - 1888-1890
- Doctor José Trigueros - 1890
- Doctor Ramón García González - 1890-1894
- Doctor Carlos Bonilla - 1894-1896
- Doctor José Trigueros - 1886-1889
- Doctor Ricardo Moreira - 1899-1903
- Doctor Hermógenes Alvarado - 1908-1909
- Doctor Santiago Ignacio Barberena - 1909-1910
- Doctor Reyes Arrieta Rossi - 1910-1911
- Doctor Víctor Jerez (Rector Honorario) - 1911-1913
- Doctor Benjamín Orozco - 1913
- Doctor Federico Penado - 1913-1915
- Doctor Víctor Jerez - 1915-1922
- Doctor Emeterio Oscar Salazar - 1922-1923
- Doctor Salvador Rivas Vides - 1923
- Doctor Víctor Jerez - 1923-1926
- Doctor J. Max Olano - 1926-1927
- Doctor Enrique Córdova - 1927
- Doctor Emeterio Oscar Salazar - 1927-1931
- Doctor Enrique Córdova - 1932
- Doctor Emilio Cáceres Buitrago - 1932-1933
- Doctor Héctor David Castro - 1933-1934
- Doctor Reyes Arrieta Rossi - 1934-1936
- Doctor Sarbelio Navarrete - 1936-1939
- Doctor Reyes Arrieta Rossi - 1939-1944
- Doctor Carlos A. Llerena - 1944-1946
- Doctor Carlos A. Llerena - 1946-1950
- Doctor José Vicente Vilanova - 1950-1951
- Ingeniero Antonio Perla - 1951-1955
- Doctor Romeo Fortín Magaña - 1955-1959
- Doctor Napoleón Rodríguez Ruiz - 1959-1963
- Doctor Fabio Castillo Figueroa - 1963-1967
- Doctor Rafael Antonio Vásquez - 1967
- Doctor Angel Góchez Marín - 1967-1968
- Doctor José María Méndez - 1969-1970
- Arquitecto Gonzalo Yanes Díaz - 1970-1971
- Doctor Rafael Menjívar Larín - 1971-1972
- Doctor Juan Allwood Paredes - 1973-1974
- Doctor Carlos Alfaro Castillo - 1974-1977
- Ingeniero Salvador Enrique Jovel - 1977-1978
- Doctor Eduardo Badía Serra - 1979
- Licenciado Luis Argueta Antillón (Interino) - 1979
- Ingeniero Félix Ulloa - 1979-1980
- Doctor José Napoleón Rodríguez Ruiz - 1980-1981
- Doctor Miguel Angel Parada - 1982-1986
- Licenciado Luis Argueta Antillón - 1986-1990
- Doctor Herbert Wilfredo Barillas - 1990-1991
- Doctor José Benjamín López Guillén - 1991
- Doctor Fabio Castillo Figueroa - 1991-1995
- Doctor José Benjamín López Guillén - 1995-1999
- Doctora María Isabel Rodríguez - 1999-2007
- Ingeniero Rufino Quezada - 2007- ?