La Facultad de Medicina de la Universidad de El Salvador es la segunda facultad más antigua de la UES, fundada en 1847.

El presidente Eugenio Aguilar (1846 - 1848) emitió un decreto en él que se acordaba el establecimiento de una cátedra de Anatomía en la recién fundada Universidad Nacional. Este decreto, de fecha 15 de noviembre de 1847, además de establecer dicha cátedra decía que daría principio "por el estudio de la Anatomía, debiéndose abrir el 15 del diciembre entrante". Sin embargo, la docencia se inició el 2 de febrero de 1849, fecha en que se procedió a organizar en la Universidad de El Salvador, la Facultad de Medicina y el Protomedicato.

Entre los catedráticos más célebres de la Facultad, en su larga historia, se cuentan el Dr. Rafael Zaldívar, el Dr. Emilio Alvarez, el Dr. Luis Edmundo Vásquez y la Dra. María Isabel Rodríguez.

Hasta 1980, la Facultad fue el único centro de estudios superiores que ofrecía las carreras del área de las Ciencias de la Salud, en El Salvador.

Desde octubre del 2007, la Decano de la Facultad es la doctora Fátima Trinidad Valle de Zúñiga. Para el año 2006, de acuerdo a las estadísticas de la UES, la Facultad tiene un total de 4864 estudiantes.

Para impartir el conjunto de carreras que ofrece, la Facultad cuenta con dos escuelas.

La Escuela de Medicina imparte una única carrera de grado: el Doctorado en Medicina, cuyo plan de estudios, tiene una duración de siete años.

La Escuela de Tecnología Médica imparte las siguientes carreras de grado:

  • Licenciatura en Nutrición.
  • Licenciatura en Enfermería.
  • Licenciatura en Educación para la Salud.
  • Licenciatura en Laboratorio Clínico.
  • Licenciatura en Ecotecnología.
  • Licenciatura en Anestesiología e Inhaloterapia.
  • Licenciatura en Fisioterapia y Terapia Ocupacional.
  • Licenciatura en Radiología e Imágenes.
  • Licenciatura en Salud Materno-Infantil.
  • Licenciatura en Optometría.

Todas tiene un plan de estudios con una duración de cinco años, las cuales se basan en módulos y no por materias. Cada licenciatura tiene la oportunidad de ejercer sus prácticas estudiantiles en los hospitales nacionales del país, donde cada carrera le asigna al estudiante el lugar de prácticas sin necesidad de que el estudiante busque donde hacerlas.

Al finalizar cada ciclo se les otorgan reconocimientos a los alumnos de toda la facultad, por las notas que han presentado.

Además la Facultad imparte las siguientes carreras de postgrado:

  • Maestría en Educación en Salud Sexual y Reproductiva.
  • Maestría en Servicios Integrales de Salud Sexual y Reproductiva.
  • Maestría en Gestión Hospitalaria.
  • Maestría en Salud Pública.
  • Diplomado en Salud Sexual y Reproductiva.
  • Diplomados en Educación y Atención Integral en VIH-SIDA.

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